Fehérje-térszerkezeti illesztőmódszer gyorsítása FPGA technológiával

februári Budapest Science Meetup-on Goretity Árpád (PPKE - Molekuláris Bionika) fehérje térszerkezetek bioinformatikai módszerekkel történő összehasonlításáról és ezek gyorsításának lehetőségeiről beszélt.

Az előadó összefoglalója:

A modern evolúcióbiológiai és orvostudományi alapkutatás szerves része, nélkülözhetetlen támogatója a bioinformatika. A biológiai adatok számítógépes feldolgozásának gyorsasága lehetővé teszi olyan elemzések, összehasonlítások és szimulációk elvégzését, amelyeket kísérletesen egyáltalán nem, vagy csak nagyon hosszú idő alatt és rendkívül költségesen lehetne megvalósítani. Az egyik legnagyobb horderejű bioinformatikai módszer a fehérjék szerkezeti összehasonlítása. A fehérjék az élő szervezetek alapvető építőkövei, és szerkezetük gyakran összefügg az általuk ellátott feladatokkal, biológiai funkciókkal, így annak a megismerése közvetlenül hasznos, értékes tudáshoz juttatja a kutatókat.

Sajnos a jelenlegi szerkezeti illesztőalgoritmusok jellemzően igen lassúak. Nagyobb fehérjeadatbázisok feldolgozásához tehát új metódusokra van szükség. Egy lehetséges megközelítés a hagyományos számítógépek használata helyett specializált célhardver létrehozása, amelyet munkámban a méltán népszerű FPGA technológiával valósítottam meg. Az eredmények ígéretesek: a célhardvertől akár több nagyságrendbeli gyorsulást, hatékonyságnövekedést is várhatunk.

A címlapi kép forrása: Protein Data Bank/Wikipedia

Népszerű
Uralkodj magadon!
Új kommentelési szabályok vannak 2016. január 21-től. Itt olvashatod el, hogy mik azok, és itt azt, hogy miért vezettük be őket.
;